原生境保护也叫原地保护。植物遗传资源的原生境保护是让植物留在原始生存地，并保护好这个地方的生态环境不被破坏。要保护植物的整个群落，这种方法最好。

    原生境保护的最好例子是保护区，如自然保护区和国家森林公园。植物遗传资源在这些地方可以得到很好的保护，不会灭绝。 另外的一种保护方式就是农田保存。云南水稻也是原生境保护的好例子，在云南有数以千计的水稻农家品种，农民在一块田里，可以种植好几个水稻品种，这样病虫害少，又保护了水稻遗传资源。这些农家品种非常重要，因为它们带有很多优良基因，以后可以用来培育新的品种。